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	Visualisierungsinstitut der Universität Stuttgart (VISUS)
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Visualisierungsinstitut (VISUS)
Allmandring 19
70569 Stuttgart

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Tel.: +49 (0)711 685-88623

E-Mail: Michael.Krone

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Forschung

SFB 716 "Dynamische Simulation von Systemen mit großen Teilchenzahlen"
- Teilprojekt D.4 "Interaktive Visualisierung dynamischer, komplexer Eigenschaften von Protein-Lösungsmittel-Systemen"
  In diesem Teilprojekt werden neue Visualisierungsansätze zur interaktiven Exploration von Protein-Lösungsmittel-Systemen erforscht. Besonderes Augenmerk liegt hierbei auf den spezifischen Eigenschaften des Lösungsmittels, da diese mit herkömmlichen heute verfügbaren Werkzeugen nicht adäquat analysiert werden können.


Lehre

Studien- und Diplomarbeiten

laufend:
- Analyse der Oberflächenstruktur von Proteinen
- Interaktive Berechnung und Visualisierung der Sekundärstruktur von Proteinen
beendet:
- Semitransparente Moleküloberflächen mittels Depth Peeling
- Manipulation interaktiver Molekulardynamik-Simulationen mittels haptischer Eingabegeräte
Weitere Themen auf Anfrage!

Sommersemester 2010

Seminar Algorithmen für Computerspiele

Wintersemester 2009/2010

Übung Visual Computing

Sommersemester 2009

Fachpraktikum Graphikprogrammierung (FaPra)


Bilder

Visualisierungstechniken für Proteine:


Videos

Die folgenden Videos sind Begleitmaterial zur Publikation "Interactive Visualization of Molecular Surface Dynamics".

Solvent Excluded Surface	Transparente SES + Reduced Surface	Solvent Excluded Surface	Vereinfachte SES (8 Proteine)
Extraktion von Cavities in Proteinen


Publikationen

2011

M. Krone, S. Grottel und T. Ertl
Parallel Contour-Buildup Algorithm for the Molecular Surface
In: Proceedings of IEEE Symposium on Biological Data Visualization (BioVis'11), 2011.
[abstract] | [pdf] | [bibtex]

M. Krone, M. Falk, S. Rehm, J. Pleiss und T. Ertl
Interactive Exploration of Protein Cavities
Computer Graphics Forum (Proceedings of EG/IEEE EuroVis 2011), Volume 30, Issue 3, 2011.
[abstract] | [pdf] | [bibtex]

M. Chavent, B. Lévy, M. Krone, K. Bidmon, J-P. Nominé, T. Ertl und M. Baaden
GPU-powered tools boost molecular visualization
to appear in Briefings in Bioinformatics, Oxford Press, 2011.
[abstract] | [pdf] | [bibtex]

2010

M. Krone, C. Dachsbacher und T. Ertl
Parallel Computation and Interactive Visualization of Time-varying Solvent Excluded Surfaces
In Proceedings of ACM International Conference On Bioinformatics and Computational Biology (ACM-BCB), 2010.
[abstract] | [pdf] | [bibtex]

2009

M. Krone, K. Bidmon und T. Ertl
Interactive Visualization of Molecular Surface Dynamics
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics (Proceedings Visualization / Information Visualization 2009), vol. 15, no. 6, (VisWeek09), p. 1391-1398, 2009.
IEEE Visualization 2009 Honorable Mention
[abstract] | [pdf] | [bibtex]

2008

M. Krone, K. Bidmon und T. Ertl
GPU-based Visualisation of Protein Secondary Structure
In Proceedings of EG UK Theory and Practice of Computer Graphics (TP.CG.08), Seite 115 - 122, 2008.
[abstract] | [pdf] | [bibtex]